La iglesia actual es obra del siglo XVII y vino a sustituir, alzándose sobre el mismo solar, al antiguo templo medieval del que nada o casi nada se aprovechó en la nueva construcción, dada la poca consistencia, baja calidad y endeblez de los materiales utilizados en el templo primitivo. Solamente ha permanecido una escalera de caracol en la cabecera del templo que podría fecharse en el siglo XIII-XIV y una pequeña cenefa de ladrillo de arte mudéjar en el ábside. A lo que se une una pila bautismal de estilo románico decorada con gallones que se separan con pilastras.
Posiblemente el antiguo templo pudiera ser del siglo XIII y según la tradición que se conservaba en el siglo XVII, se incendió en el siglo XVI. Parece ser que constaba de una de una sola nave, presbiterio y ábside semicircular. Era de planta rectangular, construido de mampostería con remates de sillares en las esquinas, contrafuertes y en la cabecera del templo, descansando sobre los pilares del presbiterio una pequeña espadaña de estilo románico.
La actual iglesia de Alocén fue construida en las primeras décadas del siglo XVII. En 1603 todavía no se había levantado la actual iglesia, pues el cabildo de San Nicolás se reunía:
"a campana tañida en el portal de la Iglesia de ella”.
Sabemos que esas reuniones en el portal de la iglesia se venían realizando desde los primeros años del siglo XVI. En 1519 el concejo se reunía en los portales de la Iglesia de Santa María.
Lo mismo ocurre con la cofradía de la Vera Cruz que hasta 1624 se siguen reuniendo en Los soportales de la iglesia y en 1627 lo hacen en el cementerio de la iglesia. En 1582 la iglesia de Alocén fue visitada por el obispo de Salona don Diego de la Calzada:
"después de haberla visitado consagró la campana grande de esta iglesia y púsola por nombre Bárbara, fueron presentes por testigos el licenciado Beltrán cura de la iglesia y el bachiller Morales y el ilustrísimo señor de la dicha villa Gaspar Fernández de Parada, señor de la dicha villa"
La obra de construcción del templo actual debió de realizarse en las primeras décadas del siglo XVII y se debió al maestro de obras Pedro de Senderón que además de la obra de la iglesia también levantó parte de la ermita de Santa Ana. Era un oficial de origen montañés, es decir, de las actuales provincias de Alava o Cantabria. Estos maestros de obras montañeses estuvieron muy activos durante los siglos XVI y XVII en nuestra provincia. En 1572 había intervenido en la tasación de la obra de la iglesia de Yunquera de Henares.
Senderón estaba en Alocén en los años 1605 y 1609 trabajando en la obra de la ermita de Santa Ana. Y en 1612 aparece como tasador de la obra de la sacristía de la iglesia de Escariche, y nos dice el libro de fábrica:
"Pedro de Senderón montanés residente en la de Alocén"
Es decir, que residía en Alocén pues justo en ese momento estaba levantando el templo parroquial.
Ei año 1633, que es cuando comienza el primer libro de fábrica que se conserva en el archivo parroquial, se estaba pagando al mencionado maestro la obra que había realizado en la iglesia, puesto que había fallecido, y todavía se le debía su salario. En las cuentas de 1633 se dice:
"Más dió descargó treinta mil y setecientos y treinta y nueve reales que pareció haber pagado a Miguel de Morales cesonario de los herederos de Pedro de Senderon maestro que fue de la obra de la iglesia de esta villa por quenta de lo que se le debe de la dicha obra".
En 1633 ya estaba concluida la obra de las naves de la iglesia, se compró en 1635 una lámpara nueva traída desde Madrid, por la que se paga 7.480 maravedíes. Según una carta de liquidación de las deudas contraídas con el cesonario de Pedro Sederón, se dice que en 1628 ya estaba concluida la obra de la iglesia y que se debía al maestro de obras en ese año 1.000 ducados. La deuda contraída por la obra la iglesia no se pagó por su fábrica hasta 1651. Así, por ejemplo, entre los pagos que se hicieron, podemos mencionar los siguientes: en 1635 se siguen pagando a los herederos de Pedro de Senderón 30.554 maravedíes. En 1637 se pagan 30.700 maravedíes. En 1639 otros 14.231 maravedíes y en 1645 otros 15.000 maravedíes.
Parece ser que la obra de la iglesia de Alocén no fue concluida en su totalidad por Pedro de Senderón o bien éste falleció antes de concluirla, y tras pagar la fábrica de la iglesia las deudas contraídas con él, se concluyó la obra, pues en 1639 vinieron hasta Alocén los maestros de obras Pedro de Muela y Francisco Esteban por iniciativa del arzobispado de Toledo:
"visita y tanteo que hicieron tocantes a la necesidad que tiene la iglesia de que se acabe por comisión de su alteça".
Vienen dos importantes maestros de obras para dar condiciones para las obras que se deben de hacer para concluir la parte del templo que estaba sin finalizar. Por una parte Francisco Esteban de Benavides fue maestro de obras del obispo de Sigüenza fray Pedro González de Mendoza, trabajando en 1637 en algunas obras que proyectó este mecenas en Pastrana, como fueron la Colegiata, el convento de San Francisco y el palacio ducal. Y también Pedro de Muela importante maestro de obras que estuvo activo por esos años en todo el obispado de Sigüenza. Es decir, que no se había concluido en su totalidad la obra y parece que se concluyó a mediados del siglo XVII. Justo se acabó de pagar todo lo que se debía a Pedro de Senderón, el maestro de obras que había levantado de nueva planta la casi totalidad de la obra de la iglesia.
Los trabajos para finalizar la obra se comenzaron de nuevo en 1653. En 1653 se pagaron por el mayordomo de la fábrica de la iglesia un total de 2.254 maravedíes "que gasto y pago con el maestro que vino a ver el estado y planta de la obra de la iglesia de esta villa por mandado de su eminencia".
Estas obras fueron realizadas por el cantero y maestro de obras Juan González que pasó varios años residiendo en Alocén, hasta finalizar la obra de la torre.
En 1654 se pagaban 500 reales por la capellanía y cofradía de Santa Ana por las obras que había realizado el cantero Juan González:
"por quenta de dos mil y cien reales en cuenta de la obra de la iglesia"
Entre 1655 a 1657 se realizaron obras en la iglesia: se reconstruye el tejado del cuerpo de la iglesia.
A finales de los años cincuenta del siglo XVII se puede dar por concluida toda la obra de la iglesia en su totalidad, en la que trabajaron los canteros Pedro de Senderón y Juan González. Sabemos que la conclusión de la torre tuvo lugar en 1659, pues en ese año tuvo que ayudar la cofradía de San Nicolás en la obra de la torre con diez ducados que eran 3.740 maravedíes:
"para la obra de la torre”
En conclusión, según los datos documentales manejados, la obra del edificio arquitectónico de la iglesia se levantó en dos etapas; una debida a Pedro Senderón entre 1612 a 1628 y la otra Juan González entre 1653 a 1659. Ambos maestros de obra levantaron un templo, que se conserva hoy en día, de mampostería con esquinas de piedra sillar, con un ábside que termina en una comisa de ladrillos.
La entrada del templo presenta una portada simple de estilo renacentista flanqueada por columnas adosadas y rematada por un frontón en cuyo interior se encuentra una hornacina central con cenefa y figura de Nuestra Señora de la Asunción, en piedra. En los laterales sobre el tímpano, adornos de bolas.
La puerta de entrada conserva la raigambre de hace siglos. Es de madera con bellos herrajes. En 1694-95 se colocó una pequeña imagen exenta de la Virgen de la Asunción en la hornacina situada encima de la puerta de acceso al templo, pues se pagaron 314 maravedíes, según descargo del libro de fábrica de esos años:
"que se dieron por Ja talla de una nuestra señora que hizo para enzima de la puerta de la iglesia".
El interior de tres naves separadas por cilíndricos pilares, y cubiertas por bóvedas de crucería y aristones. Se divide en tres naves, separadas por arcos de medio punto triunfal, quedando sin concluir la nave de la izquierda desde el crucero para abajo. La nave derecha está separada de la central por una columna cilíndrica.
Las cubiertas de las naves son, la de la central con bóveda de cañón y cúpula rebajada, en su primero y segundo tramo, así como por bóveda con terceletes y claves en el tercero. La nave lateral está cubierta de bóveda de arista. Los arcos torales son sostenidos por columnas toscanas. Mientras que la techumbre del coro es de medio cañón.
A los pies del templo se encuentra el coro alto y un notable órgano. Y adosada a los pies se encuentra una majestuosa torre. La torre está situada a los pies de la iglesia de planta rectangular sin gran proyección en altura. Se halla dividida en tres cuerpos por medio de sus sillares. Se advierte una influencia islámica por sus formas cerradas.
Mientras que en la cabecera se encuentra el ábside que tiene forma de semicírculo que representa un casquete de cuarto de esfera, con decoración de arquillos ciegos del siglo XVI.
Un siglo después de su construcción se realizaron obras de recuperación entre los años de 1754 a 1756. A finales del siglo XVIII hubo que hacer otra importante reparación del templo parroquial, puesto que amenazaba ruma con hundirse un arco toral, parte de la torre y el tejado. Las obras comenzaron en 1781 y fueron concluidas en 1786. En 1782 se hicieron la obra de cerrajería, se pagaron 151 reales a Jerónimo Corjo, maestro cerrajero, por el trabajo de haber puestos unas chapas de hierro, picaposte y fradas en las puertas principales de la iglesia. En 1785 se gastaron 1.100 reales en "sacar piedras, labrarlas, reconocimiento de lo que se hundió de la torre, revocar y componer los cimientos y componer la torre, quitar goteras".
Pues se pagaron por el mayordomo de la fábrica en 1786:
"Ytem trescientos diez y seis reales de vellón, los trescientos pagados a don Antonio Juana Jordán, maestro de la Dignidad Arzobispal por venir desde la ciudad de Alcalá de Henares a reconocer la obra mayor que se ha hecho desde la anterior visita a la presente en el arco toral y demás que amenazaba ruina".
Se colocaron nuevas campanas para la torre que fueron fundidas en 1781 por Ventura de los Corrales, a quién se le pagó 1.343 reales por su obra. Así se mantuvieron las campanas de la torre hasta mediados del siglo XIX. En 1861, el señor cura don Jose Climaco Plaza, anota en el libro inventario de la parroquia la siguiente nota: "en concreto el día 18 de octubre de 1861 se colocaron en la torre las dos campanas mayores que la acabaron de fundir el día anterior en el molino de aceite de esta villa. Costó la fundición de ellas y el metal añadido, juntamente con el campanillo de Santa Ana la cantidad de tres mil quinientos sesenta reales. Pesa la mayor veinte y ocho arrobas y ocho libras, la mediana pesa veinte y una arrobas y ocho libras; y el campanillo de Santa Ana una arroba y veinte y una libras y media. Costó el arreglar los hierros y los badajos para todas, doscientos veinte reales. En Alocén a 20 de octubre de 1861".
En 1806 también hubo obras de reparación del templo, desmontando el tejado, realizada por José Allera, vecino de Auñón. Se tuvo que pagar con fondos procedentes de la fábrica, las dos capellanías de Juan Corral, la cofradía del Santísimo Sacramento, la Vera Cruz, San Nicolás, Obra Pía del hospital, ermita de Santa Ana y la denominada Obra Pía de dotes. Demostrando una vez más los pocos ingresos que tenía la fábrica de la iglesia, como ocurrió en el siglo XVII, que estuvo más de treinta años para pagar la nueva iglesia. Ahora tuvo que recurrir a fondo de capellanías, obras, pías, hospital y ermitas.
La sacristía fue adosada a la cabecera del templo, construida por Juan Morena de 1756 a 1758. En 1756 se decía por el señor visitador que era conveniente hacer una nueva sacristía que fuera más grande que la actual, aprovechando la limosna que para la obra ofrece don Manuel Solano:
"notable falta hace en esta parroquia una sacristía, pues la que hoy sirve es sumamente estrecha, y no proporciona a la fábrica de dicha parroquial, además de no poderse reservar en ella los ornamentos y alhajas que tiene de consideración, pues siendo así que por parte de don Manuel Solano se ofrece ayudar con una crecida limosna para alargar la expresada sacristía, y que pueda practicarse sin detrimento de la fábrica material de esta citada parroquia a causa de evitar independiente y separada de ella, la dicha sacristía, respeto de lo numerado y que deberá en notable beneficio, y utilidad de esta pernotada parroquia de una merced, permiso y facultad para todo que así toca".
En la visita de 1757, según la visita de ese año, se afrontó la reforma y construcción de la nueva sacristía, dando licencia o autorización para la obra el arzobispado de Toledo el 17 de junio de 1756. Realizando la obra el maestro de obras Juan Moreno, vecino de Brihuega.
Por último no podemos dejar de mencionar las pilas bautismales. En la actualidad se conservan tres pilas de bautismo. Una de ellas es de la época de la construcción de la primera iglesia, es decir, del siglo XIII de estilo románico tardío, y con una decoraci6n de gallones separados por pilastras. Las pilas bautismales son muy representativas del románico alcarreño y se van a caracterizar por su pobreza decorativa. Los autores distinguen dos tipos de pilas, unas con decoración de arquerías y otras de cuerpo de gallones que se rematan con arcos de medio punto. En Alocén además se conservan otras dos pilas dc agua bendita; una de granito, con forma de media naranja apuntada y boca elíptica, del siglo XVII, y la otra de piedra de boca circular y decorada con gallones rehundidos, del siglo XVI. También posee la iglesia un púlpito con su balaustrada de hierro del siglo XVII.