El órgano situado sobre la tribuna del coro es de estilo neoclásico en la parte inferior de la caja y próximo al rococó en la parte superior. Construido de madera policromada y sus detalles decorativos dorados fechado entre 1750 a 1770. Se considera como una bella caja jaspeada distribuida en cinco campos, coronados de molduras; con la decoración de dos ángeles con instrumentos musicales. Los fuelles, alimentados por un moderno ventilador eléctrico, están protegidos con caseta dc madera ya en el coro.
El siglo XVIII fue la época dc máximo esplendor dc la organería. Ei órgano dc Alocén fue comprado por los vecinos del pueblo en el año 1728. Según el libro de fábrica dc ese año:
"Y por cuanto esta dicha villa ha representado a su merced (El señor Visitador) tiene ajustado un órgano nuevo para esta iglesia a costa de los vecinos y pedido se aplicase por parte de la fábrica alguna porción para ayuda a sentarle, viendo ser justo la adjudico su merced a dicha obra 200 reales para lo referido.
En el libro segundo de Fábrica se menciona por una nota aclaratoria del señor párroco que el órgano nuevo lo hicieron los vecinos de la villa con una escasa aportación de la fábrica de la Iglesia. Según Marco Martínez el órgano pudo ser obra de José Fuentes, organero de Cuenca.
El órgano construido en 1728 sustituyó a otro existente con anterioridad que ya estaba instalado en la iglesia con anterioridad a 1633 y pudo ser construido por algún organero toledano a comienzos del siglo XVII.
Fue reformado en 1844 por Pedro Cisneros, vecino de Guadalajara, siendo alcaldes Pascual García y Gregorio Corral, y cura Andrés Solano.
Como complemento para el órgano se disponía en la iglesia de unos libros de música de canto. En 1722, según un inventario, se decía sobre estos libros:
"Más cinco libros para el coro, el uno que se llama Oficiario de las Misas, el otro es el Saiterio, el otro para Vísperas de Pascua y dominicas, el otro Santoral de Vísperas y un Pasionario que tiene toda la Semana Santa y otro libro grande como el oficiario y un pedazo de libro con algunas misas de canto de órgano todos bastante usados”.
En 1983 se solicitó una subvención para la reparación del órgano y fue restaurado y puesto en funcionamiento por el maestro organista valenciano Enrique Morentín Geresque, procediendo a limpiar las notas, arreglo y reparación de todo lo que faltaba. Se inauguró el 25 de junio de 1983 con un concierto de música de órgano a cargo del organista de la parroquia de la Concepción de Madrid, don Paulino Ortiz. Desde entonces, el día de la festividad del Cristo del Amparo, una vez finalizada la Misa Mayor se celebra un pequeño concierto de media hora de duración.
